Współczesne wysokowydajne rolnictwo nie jest wstanie obejść się bez środków ochrony roślin (pestycydów). Do pestycydów zalicza się np. środki grzybobójcze (fungicydy), owadobójcze (insektycydy), regulatory wzrostu roślin, środki bakteriobójcze (bakteriocydy), środki zwalczające szkodniki zwierzęce (zoocytydy), czy też środki zwalczające chwasty (herbicydy).
Wiele z tych związków ma jednak negatywny wpływ na zdrowie człowieka, stąd istnieje potrzeba ciągłego monitorowania poziomu pestycydów w żywności. W ramach działań legislacyjnych UE wyznaczono maksymalne dopuszczalne poziomy pozostałości (Maximum Residue Levels, MRL) poszczególnych substancji. Metoda stosowana w laboratorium Instytutu obejmuje monitoring ponad 400 związków.
Pozostałości pestycydów podlegają odrębnemu reżimowi prawnemu niż pozostałe zanieczyszczenia — kontekst i podstawy prawne opisaliśmy w sekcji Badanie żywności. Listę oznaczanych substancji, wymagania dla danego surowca oraz sposób pobrania próbki można uzgodnić telefonicznie pod numerami 605 612 886 oraz 52 506 56 78, a także mailowo: igs@igs.org.pl.